Poliklinik Penyakit Dalam RSUD Kota Bogor memberikan pelayanan penanganan masalah kesehatan organ dalam tanpa bedah, seperti diabetes melitus, sakit ginjal, sakit lambung, liver atau hati, lambung, dan sebagainya. Klinik penyakit dalam adalah unit konsultasi yang didukung dokter spesialis penyakit dalam yang siap membantu menangani berbagai keluhan atau gejala yang dialami pasien untuk mengetahui penyakit spesifik maupun yang belum diketahui secara pasti. Layanan pemeriksaan penunjang yang umumnya diperlukan dari poliklinik penyakit dalam misalnya USG, EKG, BNO (rontgen perut), Endoscopy, Gastrocopy, Duodenoscopy, serta Colonoscopy.
Unit Hemodialisis RSUD Kota Bogor memberikan pelayanan cuci darah bagi pasien rawat inap dan rawat jalan yang didukung tim dokter ahli yaitu Spesialis Penyakit Dalam, dokter umum, dan perawat khusus bersertifikat Hemodialisis. Patient safety merupakan tujuan utama layanan cuci darah RSUD Kota Bogor dimana sebelum melakukan cuci darah, pasien terlebih dahulu screening infeksi Hepatitis B, Hepatitis C, dan HIV untuk mencegah penularan, serta demi keamanan pasien digunakan saringan darah atau filter sekali pakai.
